按照《国家重点研发计划管理暂行办法》的要求，为保证项目按进度高质量完成相关的研发任务，项目承担单位和项目负责人指定本项目的一体化项目组织、实施和管理方案，通过成立职责分明的内部管理机构以引导、规范、辅助和督促项目整体的顺利运行；通过召开线上线下会议、单位间走访交流、举办研究生论坛、举办固废会议等方式加强项目参与单位和研究人员的合作和交流；定期督促各单位加深沟通与合作，全面掌握项目进展情况，及时为各研究任务的顺利进行积极协调和支持。目前，本项目在一体化组织实施的制度下，通过五大内部管理机构和专项管理制度的约束和指引下，项目整体运行顺利，各课题及研究人员积极交流并相互督促，项目中期研究目标保质保量完成。
为落实项目牵头单位组织管理职责，加强对项目的组织管理，保障项目研究工作顺利实施，建立了项目咨询专家组、项目管理办公室、项目执行中心组、项目财务管理组和项目秘书五个内部管理机构，对项目实施全面管理，服务于国家重点研发计划科学圆满的执行与完成。
聘请“固废资源化”咨询专家和项目实施跟踪专家成立项目咨询专家组，聘期至项目执行期结束。项目咨询专家组把控项目创新方向与执行质量，并对项目执行过程中遇到的技术问题进行指导和把控，全面参与项目的跟踪管理与监督评估，共同实现对项目进展情况的阶段性考核、评估与验收，确保按计划高质量完成各项目标任务，保证专项目标的实现。
成立由项目负责人、课题负责人及各参加单位负责人组成的项目执行中心组，围绕项目总体目标和各课题的重点任务，以目标为导向，对项目进行精准管理。主要负责把控各项任务的研发进度，确定项目关键控制节点，并协助项目咨询专家组对项目进展情况进行阶段性考核和评估，及时调整研究内容与实验方案，确保按时按质按量完成项目各项任务及项目总目标。